Η αύξηση του ΦΠΑ στα ναύλα από 13% σε 23% οδήγησε σε εμπλοκή μεταξύ Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους και ακτοπλοϊκών εταιρειών, καθώς παρακρατείται μεγαλύτερο ποσό, από τα κονδύλια που θα πρέπει να αποδοθούν στις εταιρείες.
Τα μισθώματα των ακτοπλοϊκών για τις άγονες, αναφέρει το ethnos.gr, είχαν συμφωνηθεί και υπογραφεί με το υπουργείο Ναυτιλίας, όταν ακόμα ο ΦΠΑ ήταν μειωμένος. Πλέον, ο προϋπολογισμός των άγονων γραμμών που ανέρχονται περίπου σε 70 εκατ. ευρώ έχει διαμορφωθεί περίπου στα 79 εκατ. ευρώ.
Ο Σύνδεσμος Επιχειρήσεων Επιβατηγού Ναυτιλίας έχει ζητήσει την παρέμβαση του υπουργείου Ναυτιλίας για το θέμα για το οποίο έχει ήδη αποσταλεί σχετικό έγγραφο στο υπουργείο Οικονομικών.
Δεν αποκλείεται να υπάρχει σχετική ρύθμιση που να εξαιρεί από ΦΠΑ 23% τα μισθώματα των άγονων γραμμών.
Οι επιδοτήσεις για τις άγονες γραμμές προκηρύσσονται και δίνονται πλέον από το υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου στην Ακτή Βασιλειάδη και όχι από τη Γενική Γραμματεία Αιγαίου.