Στο μεγάλο ζήτημα του προσφυγικού και στα πολύνεκρα ναυάγια πλοιαρίων στα ελληνικά νησιά αναφέρθηκε ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης κατά τη διάρκεια κηρύγματος στον Ιερό Ναό Αγίου Δημητρίου. Ο Μητροπολίτης Άνθιμος επεσήμανε την μεγάλη ευθύνη που φέρουν οι Τούρκοι δουλέμποροι για τα όσα συμβαίνουν στη Μεσόγειο λέγοντας με νόημα ότι «στέλνουν βάρκες ανοιχτές γεμάτες ανθρώπους εν μέσω θαλασσοταραχής, με την ταχύτητα των ανέμων να φθάνει τα 8 και 9 μποφόρ».
Παράλληλα, άσκησε έντονη κριτική στους χειρισμούς των Βρυξελλών για το φλέγον αυτό ζήτημα, ενώ δεν παρέλειψε να σχολιάσει για τον φράχτη στον Έβρο, επισημαίνοντας ότι «αν πέσει αυτό το κατασκεύασμα, θα γίνει μεγάλη συμφορά στη Θράκη».