Την άμεση αντίδραση του Γενικού Γραμματέα Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων προκάλεσαν οι δηλώσεις του Μητροπολίτη Χίου, Μάρκου, για τους πρόσφυγες και τους μετανάστες. “Δεν υπάρχουν πρόσφυγες, είναι όλοι λαθρομετανάστες” είχε δηλώσει χαρακτηριστικά ο Μητροπολίτης Χίου, ενώ είχε εξαπολύσει επίθεση κατά των πολιτικών λέγοντας ότι «έχουν κατεβάσει τα παντελόνια και προσκυνούν, έχουν παραδώσει τη χώρα».
Ο Μητροπολίτης Χίου εξαπέλυσε παράλληλα “πυρά” κατά της Κυβέρνησης και των βουλευτών που στήριξαν τη δημιουργία μουσουλμανικού τεμένους στην Αθήνα, ενώ “ξεσπάθωσε” και εναντίον του συμφώνου συμβίωσης των ομοφυλόφιλων.
Καταλήγοντας επέκρινε σφοδρά τον από 30ετίας θεσμοθετημένο πολιτικό γάμο, λέγοντας για τους δημάρχους ότι «δεν είναι δυνατόν να παντρεύουν ζευγάρια εκείνοι που μαζεύουν τα σκουπίδια μας». Τα σχετικά δημοσιεύματα έχουν σταλεί από τον Κωστή Παπαϊωάννου στην εισαγγελέα κατά του ρατσισμού στην Αθήνα και στην Εισαγγελία Χίου, για να διερευνήσουν αν διέπραξε αξιόποινες πράξεις ο μητροπολίτης, στέλνοντας το μήνυμα πως τα άμφια δεν διασφαλίζουν την ασυλία.