Από την 1η Ιουνίου οι επιχειρήσεις και οι επαγγελματίες, ακόμη και των νησιών του Αιγαίου στα οποία δεν καταργείται ακόμη το ειδικό καθεστώς, καλούνται να προσαρμόσουν τους νέους, αυξημένους συντελεστές ΦΠΑ.
Με σχετική εγκύκλιο, που εξέδωσε η Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων, τα νησιά που διατηρούν το ειδικό καθεστώς μέχρι το τέλος του χρόνου, καλούνται να προσαρμόσουν τον βασικό συντελεστή από το 16% που ήταν μέχρι τώρα, στο 17%. Η αύξηση δικαιολογείται από το γεγονός ότι το ειδικό καθεστώς προβλέπει μειωμένο κατά 30% συντελεστή σε σχέση με τον κανονικό. Από τη στιγμή που ο κανονικός συντελεστής ανεβαίνει από το 23% στο 24%, μοιραία επηρεάζεται και ο συντελεστής και στα νησιά του Αιγαίου, για τα οποία δεν έχει ακόμη καταργηθεί το ειδικό καθεστώς.
Σύμφωνα εμ την εγκύκλιο ορίζεται ότι «για οποιοδήποτε φορολογικό στοιχείο εκδίδεται από την ημερομηνία έναρξης ισχύος των νέων συντελεστών και εφεξής, ο ΦΠΑ θα υπολογίζεται με τους νέους συντελεστές, ανεξάρτητα αν αφορά συναλλαγές που πραγματοποιήθηκαν κατά το προηγούμενο διάστημα».
Επιπλέον η εγκύκλιος Πιτσιλή αναφέρει ότι «σε πιστωτικά τιμολόγια που εκδίδονται από 1/6/2016 και αφορούν συναλλαγές που πραγματοποιήθηκαν πριν την ημερομηνία αυτή, υπολογίζεται ΦΠΑ με τους νέους συντελεστές. Εφόσον συντρέχει λόγος έκδοσης παραστατικού για την ακύρωση συναλλαγής, (π.χ. λογιστικού σημειώματος, κλπ), πρέπει να αναγράφεται σε αυτό ο ίδιος συντελεστής ΦΠΑ που είχε η αρχική συναλλαγή, ανεξάρτητα της ημερομηνίας έκδοσής του, δεδομένου ότι στην περίπτωση αυτή ακυρώνεται η συναλλαγή στο σύνολό της».