Κυριαρχεί η παραλλαγή Όμικρον στην χώρα μας .Όπως προκύπτει από την γονιδιωματική ανάλυση σε 895 δείγματα που έχουν επιλεγεί τυχαιοποιημένα ή στοχευμένα και αφορούν στην περίοδο 11 Δεκεμβρίου 2021 έως 10 Ιανουαρίου 2022, αναδείχθηκαν συνολικά 885 δείγματα με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος (Variants Of Concern – VOC).
Εκ των 885 δειγμάτων με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος, τα 665 αφορούν στο Omicron και 220 αφορούν στο στέλεχος Delta. Τέσσερα εκ των 220 στελεχών Delta αφορούν στο στέλεχος Α.Υ.4.2, τα οποία εντοπίστηκαν σε εγχώρια κρούσματα στις Περιφερειακές Ενότητες του Βορείου Τομέα Αθηνών (1), του Λασιθίου (2) και της Λέσβου (1).
Από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα έχουν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 44.763 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 40.369 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων, 3.653 προέρχονται από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων και για 741 δείγματα δεν είναι διαθέσιμος ο τρόπος επιλογής.
Κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 10 Ιανουαρίου 2022, έχουν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 7.613 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 7.451 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων και 162 προέρχονται από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων. Μεταξύ των 7.451 τυχαία επιλεγμένων δειγμάτων στην επικράτεια που αφορούν το δίμηνο πριν τις 10 Ιανουαρίου 2022, τα δύο πιο συχνά στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος που έχουν απομονωθεί είναι το Delta με ποσοστό 83,75%, ακολουθούμενο από το Omicron με ποσοστό 16,24%.
Μεταξύ των 162 δειγμάτων που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 10 Ιανουαρίου 2022, 57,41% αφορούν στο στέλεχος Omicron και 42,59% στο στέλεχος Delta.
Επιπλέον, έχουν απομονωθεί συνολικά 563 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος από δείγματα εισαγόμενων κρουσμάτων, εκ των οποίων 331 αφορούν στο Delta, 113 στο Alpha, 98 στο Omicron, 7 στο Mu, 6 στο Beta, 4 στο B.1.1.318 (Variant E484K), 1 στο Eta, 1 στο C.36, 1 στο Kappa, 1 στο B.1.1 (Variant E484K).
Η διαχρονική εξέλιξη της σχετικής συχνότητας των αλληλουχηθέντων δειγμάτων από τυχαία δειγματοληψία ανά είδος στελεχών μέχρι και την εβδομάδα 52 του 2021 απεικονίζεται στο Διάγραμμα 9 ενώ δίνονται επιπλέον προσωρινά στοιχεία για τις εβδομάδες 01 και 02 του 2022.
Η χαρακτηριστική μετάλλαξη (διαγραφή νουκλεοτιδίων στη θέση 69-70 (del69-70) στο γονίδιο Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529/BA.1) επιτρέπει τον άμεσο, προκαταρτικό χαρακτηρισμό των θετικών δειγμάτων ως πολύ πιθανά κρούσματα για Omicron, από συγκεκριμένα εργαστήρια της χώρας που εφαρμόζουν κατάλληλη μοριακή μεθοδολογία Real-Time PCR.
Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος, επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων. Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης της Όμικρον βέβαια, μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση). Ακολουθεί διάγραμμα (Διάγραμμα 10) της διαχρονικής εξέλιξης των εν λόγω δειγμάτων στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων που διενεργούνται σε δείγματα, αντιπροσωπευτικά του μεγαλύτερου μέρους της Επικράτειας.