Την αποκάλυψη ότι όταν ήταν Yπουργός Προστασίας του Πολίτη, η ΕΥΠ εντόπισε τζιχαντιστές στην Ελλάδα έκανε ο Γιάννης Πανούσης μιλώντας στον Ελεύθερο Τύπο. Ο κ. Πανούσης διευκρίνισε ότι η υπηρεσία πληροφοριών δεν μίλησε για θύλακες τζιχαντιστών στη χώρα μας αλλά «εντόπισε στην Ελλάδα τζιχαντιστές, οι οποίοι ήταν Ευρωπαίοι πολίτες. Δεν μπήκαν μαζί με τους μετανάστες. Μπήκαν κανονικότατα με τα διαβατήριά τους ως Ευρωπαίοι πολίτες και με το δικαίωμα ελεύθερης διακίνησης σε όλες τις χώρες της Ε.Ε.».
Ο κ. Πανούσης υπογράμμισε ότι αυτό αποτελεί μεγάλο πρόβλημα καθώς «επρόκειτο για Γάλλους υπηκόους και τα λοιπά» και διευκρίνισε ότι από τις ελληνικές αρχές κινήθηκαν όλες οι διαδικασίες «για να βγάλουμε τα άτομα αυτά από τη χώρα. Μέσα στα κύματα προσφύγων μπορεί να υπάρχουν τζιχαντιστές αλλά σήμερα η Ελλάδα δεν αντιμετωπίζει θέμα οργανωμένων θυλάκων μαχητών του Ισλαμικού Κράτους που μπορεί να μας απειλούν».