Αντισυνταγματική και αντίθετη στην ΕΣΔΑ είναι σύμφωνα με την Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας, η απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη για τις αλλαγές στον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των Θρησκευτικών στις τάξεις Γ΄ έως ΣΤ του Δημοτικού και του Γυμνάσιου.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας έκριναν ότι η απόφαση του Νίκου Φίλη, είναι αντίθετη:
1) στο άρθρο 16 του Συντάγματος, το οποίο ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης,
2) Στην διάταξη του άρθρου 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, γιατί η προσβαλλόμενη απόφαση θα έπρεπε να απευθύνεται αποκλειστικά στους Ορθόδοξους Χριστιανούς μαθητές και να κατατείνει στην εμπέδωση και συνέχιση της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης, και
3) στο Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της ΕΣΔΑ, γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού, ενώ η νομοθεσία προβλέπει για μαθητές Ρωμαιοκαθολικούς, Εβραίους και Μουσουλμάνος να διδάσκονται αυτοτελώς το μάθημα αυτό.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας ακόμη τονίζουν ότι το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψεις ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς:
-Δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και
-Στη Γ΄ τάξη του Δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.
Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, αλλά και γονείς που ζητούσαν να ακυρωθεί η απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας.